La Reserva Comunal Amarakaeri (RCA) es un área natural protegida establecida por el Estado peruano el 9 de mayo 2002 con una extensión de 402 335.62 hectáreas y sobre un espacio del territorio ancestral del pueblo Harakbut. Amarakaeri fue creada con el objetivo de proteger las nacientes de los ríos Eori/Madre de Dios y Karene/Colorado, asegurando la estabilidad de las tierras y bosques, y manteniendo la calidad y cantidad de sus aguas y el equilibrio ecológico. Garantiza el ambiente adecuado para el beneficio de las comunidades indígenas de los pueblos Harakbut, Yine y Matsiguenka, así como de otros usuarios que viven en sus alrededores.

El establecimiento del área responde a las demandas e iniciativas de los líderes de diferentes comunidades del pueblo Harakbut que, inicialmente, en el Rimanacuy de Pucallpa (1986), evento promovido por el Estado Peruano durante el primer gobierno de Alan García Pérez, plantearon el establecimiento legal de una reserva comunal en su territorio ancestral.

El pedido del establecimiento de la reserva comunal fue ratificado por la Federación Nativa del río Madre de Dios y Afluentes (Fenamad) en 1989, durante su VI Congreso Ordinario, en donde incluiría como beneficiarias a las comunidades nativas de Diamante y Shipetiari, pertenecientes a los pueblos Yine y Matsiguenka, respectivamente. En 1992, la Fenamad, con ayuda de un equipo interdisciplinario de profesionales independientes, elaboró un detallado estudio técnico en el que participaron las 8 comunidades nativas que constituirían el Ejecutor del Contrato de Administración de la Reserva Comunal Amarakaeri durante sus primeros años: Shipetiari, Puerto Azul, Puerto Luz, Boca Isiriwe, Diamante, Shintuya, San José de Karene y Barranco Chico.

A partir de ese momento, se daría una larga lucha colectiva para poder lograr el reconocimiento de la RCA como parte del territorio ancestral del pueblo Harakbut. A raíz de esta lucha, el 9 de mayo de 2002 se estableció la Reserva Comunal Amarakaeri. Una vez constituida, el 27 de abril de 2006, el Instituto Nacional de Recursos Naturales (Inrena), actual Servicio Nacional de Áreas Naturales Protegidas por el Estado (Sernanp), reconoció al ECA Amarakaeri y el 18 de diciembre del mismo año se firmó el contrato entre ambas partes.

De esa manera, la administración de la Reserva Comunal Amarakaeri es compartida entre el ECA Amarakaeri y el Estado peruano, representado por el Sernanp, mediante un modelo de cogestión. Un modelo en donde ambas partes comparten responsabilidades con el objetivo de alcanzar los objetivos de conservación de la reserva, así como el desarrollo sostenible de las poblaciones aledañas.

El ECA Amarakaeri representa a 10 comunidades indígenas socias: 8 comunidades del pueblo Harakbut (Puerto Luz, San José de Karene, Shintuya, Barranco Chico, Boca Isiriwe, Puerto Azul, Masenawa y Queros); una comunidad del pueblo Yine (Diamante) y una comunidad Matsiguenka (Shipetiari). Está conformada por técnicos indígenas y no indígenas, cumple con la función de administrar la RCA, asegurando la conservación de la diversidad biológica y el beneficio para sus asociados mediante su efectiva y responsable participación en la administración y el manejo de la reserva. Promueve, además, el manejo sostenible de los recursos naturales, manteniendo y fortaleciendo la identidad cultural de los pueblos indígenas y promueve la ejecución de proyectos orientados a mejorar la calidad de vida de los beneficiarios de la reserva.