Desde hace un año, en la Reserva Comunal Amarakaeri (RCA), se viene realizando un estudio de biodiversidad liderado por el Instituto de Biología de la Conservación del Smithsonian que, al día de hoy, ha reportado la presencia de numerosas especies, entre ellas algunas endémicas a los bosques Andinos montanos y otras en la categoría vulnerable de acuerdo a la UICN, al interior del área protegida.
Se ha registrado, a través de cámaras trampa, la presencia del oso de anteojos (Tremarctos ornatus), una especie única en Sudamérica y que está catalogada como vulnerable a la extinción. A su vez, la del anfibio sapito bocón de Amarakaeri (Oreobates amarakaeri), llamado así por haber sido encontrado cerca de la RCA en el 2012; actualmente su distribución es reducida y aún poco conocida.
Hasta el 2008, la RCA registró, según su plan maestro, una biodiversidad en fauna y flora tropical que bordeaba las 388 especies. Pero en el último año, tras el estudio realizado por el Smithsonian en un área muy pequeña de la reserva, el registro total de especies se incrementó en más de 700 especies reportadas entre plantas, insectos, mamíferos, anfibios, aves, reptiles y peces. Estos hallazgos formarán parte del documento de actualización del plan maestro RCA que entrará vigencia para el próximo año.
Estos nuevos registros dan constancia del potencial biodiverso con el que esta reserva comunal cuenta, especialmente por su localización geográfica que lo convierte en un corredor biológico al encontrarse entre el Parque Nacional del Manu, la Reserva Nacional Tambopata y el Parque Nacional Bahuaja Sonene.
Las mayores amenazas para estas especies se encuentran en la pérdida de su hábitat, en la fragmentación de los bosques como consecuencia de actividades antropogénicas y en la depredación o cacería directa que algunas especies sufren. Además de los efectos del cambio climático que representan una amenaza globalizada para la biodiversidad especialmente para los bosques amazónicos de la selva alta y baja como los que la reserva alberga.
